Aaron Charles Carter sinh ngày 7 tháng 12 năm 1987,tại Tampa, thuộc tiểu bang Florida , nước Mỹ. Cha mẹ anh là bà Jane Elizabeth (nhũ danh Spaulding) và ông Robert Gene Carter (1952–2017), cha mẹ anh từng làm người quản lý cho anh khi còn nhỏ, cha anh từng là cựu binh của Mỹ, từng đi lính tại Sài Gòn Việt Nam Cộng Hòa trước năm 1975, sau này ông làm chủ một nhà dưỡng lão tại Mỹ và qua đời vào năm 2017, họ quản lý hết tài sản của anh kiếm được khi anh còn nhỏ. [5] Anh trai của anh là Nick Carter , thành viên của ban nhạc Backstreet Boys, anh còn có ba người chị: Angel (1987) người chị sinh đôi với anh, làm nghề người mẫu, Bobbie Jean (BJ) sinh năm 1982 và Leslie Carter (1986–2012) đã qua đời. Gia đình của Carter có quê quán tại thị trấn Jamestown, bang New York, sau đó chuyển đến định cư tại Tampa, thuộc bang Florida, cha mẹ anh ly dị vào năm 2003.[6] Cha mẹ của Carter đã thông báo cho anh biết về việc hai người họ chính thức ly hôn 1 giờ đồng hồ trước khi anh phải quay tập phim tour quanh nhà trong chương trình Cribs của kênh MTV.[7][8]

Thưở nhỏ, Carter từng học tại trường tiểu học Frank D. Miles và trường Ruskin School tại bang Florida, đến năm 7 tuổi do bận bịu với lịch trình đi tour nên cha mẹ anh quyết định mời gia sư đến dạy kèm riêng tại nhà, chỉ cần thi lên lớp chứ không đến trường như mọi đứa trẻ bình thường khác.[8]

Năm bốn tuổi, Carter từng bị đuối nước khi tập bơi, các bác sĩ tuyên bố anh đã chết. Cha anh đã tới gần nhìn anh lần cuối. Trong khoảnh khắc xúc động, ông tiến hành hô hấp nhân tạo cho anh. Sau một hồi được sơ cứu, Carter đã ho và có thể thở trở lại[9].